cambio de directorio raiz

Hola a todos,
Tengo instalado Win2000 con SP4 y dos particiones. El sistema
operativo esta instalado en C: pero el boot.ini y los archivos de
inicio estan en D: Quiero formatear D: y tengo miedo de no poder
arrancar cuando lo haga.
Me he metido en la consola de recuperacion y he hecho un fixboot y un
fixmbr pero todo sigue igual.
¿Puedo hacer que no coja nada de D: y haga todo desde C:?

Gracias