Clonar disco

hola tengo unos equipos que necesitan Windows XP, Windows 2003 y Linux Red
Hat en distintas particiones con inicio dual para unos cursos.
Resulta que instalando el XP, luego el 2003 y por ultimo el Red Hat me anda
barbaro el inicio primero con Grub para elegir linux-windows y luego el
inicio dual para elegir el windows.
Pero quiero clonar el disco en otras particiones y no hay caso que me ande:
Probe todas las versiones de Ghost y de Acronis, en los mejores casos me
mantiene el gestor de inicio bien y los distintos sistemas operativos, pero
nunca queda andando el Win2003, es como que si estando en la particion 2 (D)
busca como si estaria en la 1 (C) o algo asi y no funciona bien, queda medio
tonto con miles de errores.
alguien sabe como solucionarlo?