desfragmentacion imcompleta

Tengo un portatil de acer que he comprado recientemente. Tiene Windows XP
HE
con SP2 preinstalado por acer, la cual ha instalado este sistema operativo
con FAT32 como sistema de archivos. A la hora de desfragmentar, despues de
3
intentos, existen distintos archivos que no se pueden desfragmentar.
¿Puede
ocurrir esto mismo teniendo como sistema de archivos NTFS?. He leido que
se
pueden pasar los FAT32 a NTFS por medio de la ventana de simbolo de
sistema
aunque nunca lo he hecho, pero segun parece el cambio por medio de este
metodo no garantiza que el sistema funcione igual que si se hubiera
formateado desde la instalacion del sistema con NTFS. ¿Me podeis recordar
la
forma de hacerlo?, ¿funcionará todo como es debido despues del cambio?,
¿se
borra toda la informacion del disco duro?
Emilio