Disco USB Externo

Hola

Tengo un problema con un cliente que tiene dos discos duros externos usb
, el problema es que si los concecto por separado , es decir , primero uno y
despues al cabo del rato el otro , a veces llega a funcionar salvo cuando en
un momento dado da el error de d:\$mft se han perdido datos. Luego despues
de esto se ha de reiniciar el pc para que pueda funcionar otra vez

El error concreto que da muy frecuentemente es No se reconoce el dispositivo
usb, uno de los dispositivos usb vinculados a este equipo ha tenido un mal
funcionamiento. Windows no puede guardar los datos para el archivo.

Mi pregunta es la siguiente deberia instalar todo el sistema desde 0 para
poder arreglar esto o hay alguna forma de que esto funcione sin hacer esta
instalacion

Se han conectado estos dos discos duros usb en otro pc y funciona
correctamente.