Formatear???, auxilio !!!

Tenia instalado Windows ME, como era tan malo decidi
cambiarlo a XP, inserte el CD y reinicie el equipo,
salian varias opciones y dentro de una de ellas me
indicaba unidad particionada, no particionada etc. para
que les voy a mentir, no se bien que es eso, luego me
ofrecia las opciones de formatear FAT, NFTS, o bien dejar
como está, clickee en dejar como esta, me advirtio que el
funcionamiento podia ser deficiente, pero igual lo hice,
consegui el vinculo siguiente en este grupo:
http://www.marcmcoll.net/Tutorials/...p/instalar
_xp.htm

pero el problema es que tengo 2 unidades particionadas C:
Disco local y D: SYSTEM_SAV, y no se como debo realizar
en este caso un formateo seguro para eliminar, ahora,
esta defectuosa instalacion de XP, por una nueva
excelente por cierto, por favor, si es posible
contestenme, muchisimas gracias