Problema después de reinstalar Windows 2003 Server Enterprise

Hace unos días, por problemas con el servidor, nos vimos obligados a
formatear y reinstalar el sistema operativo mencionado en el asunto. El
caso es que, a partir de entonces, se nos ha venido dando el problema que
frecuentemente un usuario cualquiera, al momento de iniciar sesión, se
encuentra que la tiene completamente en blanco, es decir, le crea una
sesión completamente nueva.

Averiguando acerca del caso, entramos a Documents and Settings y
encontramos que existe una carpeta que lleva el nombre de usuario, que es
en donde están los archivos del mismo, pero existe otra llamada
usuario.dominio, en donde dominio es el nombre con que hemos identificado
el dominio en el servidor. Esa es la que se acaba de crear al momento de
encender el equipo y que, por lo tanto, se encuentra "virgen".

A qué puede deberse esto? y de qué manera podríamos resolverlo?