Programa en msdos funciona a veces

Buenas,

Tengo un programa en ms dos, que solo funciona a veces, normalmente al
iniciar el equipo. Lo inicio, y arranca a pantalla completa, pulso la tecla
de windows. Pulso con el boton derecho del raton sobre la barra de tareas, en
propiedades. En opciones selecciono en opciones de pantalla ventana y si es
la primera vez que arranco me funciona. luego si lo cierro y lo vuelvo a
abrir ya no me funciona aunque haga el paso anterior.
He probado con compaitibilidad a los distintos sistemas operativos.

Alguna idea para solucionarlo