Relaciones de confianza tanto W2000 como en SQL

Como puedo establecer una relación de confianza entre dos dominios de dos
empresas distintas y que estos dominios no tienen nada que ver uno con
otro??. Os cuento mas detalladamente.
Empresa 1 = E1 = W2000 con Directorio Activo.
Empresa 2 = E2 = WNT Server con 3 Dominios A, B y C.
Tengo establecido entre ambas empresa una VPN mediante dos servidores ISA,
es decir : ISA E1 -- vpn - ISA E2. Con esto puedo entrar en ambas
empresas y lanzar procesos, etc...
Mi problema reside en que quiero controlar mediante la herramienta de
Servidor Corporativo de SQL 2000 un servidor de la E2 y me da el error:
Error de inicio de sesión del usuario '(null)'. Motivo: no está asociado a
una conexión de SQL Server de confianza.

Entiendo que la relación de confianza no está establecida pero yo tanto en
el PDCŽs de la empresa E2 como en el DC de la empresa E1 configuré esta
relación de confianza. Entiendo que para solucionar este error, debo
establecer primero la relacióon de confianza entre dominios para que pueda
validar los usuarios ( que ya la he hecho ), y luego debo añadir el usuario
a donde va a ralizar la conexión sql dentro de los logins del servidor sql
especificandole a que dominio pertenece ( E1/ USER o E2/USER), pero no me
deja y siempre me coge los usuarios del dominio de la E1. Alguien me puede
decir como soluciono este problema??, quizás las relaciones de confianzas
entre WNT y W2000 no funcionen correctamente??, como puedo averiguarlo??.

Gracias a todos.