relaciones bds

Necesito relacionar en el Diseñador de Diagramas dos tablas que se encuentran en distintas bases de datos en el mismo servidor. Tengo una BD de Catálogos que será compartida por otras BDs que no tienen relacion entre ellas, ...

Que es lo más óptimo: ¿Crear las relaciones entre las tablas directamente en el diseñador de BD(SQL Server 2000)? o ¿Establecer las relaciones en mi aplicación(con Dataset's, por ejemplo, en Visual Basic ...