SharePoint vs FrameWork 2.0

Hola a todos

Tengo un server con win 2003 y ya tengo el Sharepoint 2003 hace casi 2 años,
pero las nuevas aplicaciones web estan hecha con VS.net 2005 y tengo que
instalar el Framwork 2.0 para que se ejecuten. aqui va mi problema el IIS me
da un error que no pueden correr dos versiones de Framework Ok lo entiendo
deseo quedarem con la version 2.0 que cambios hago para que mi Sharepoint
siga funcionando hasta hoy.
sin mas...
Carlos Maykel