Comparar contenido de 2 carpetas

Buenas tardes:
Me han dado una laptop con una carpeta de favoritos, y no exagero, con ms
de 38,000 archivos!!!!
Lo que pasa es que usaron mal una herramienta llamada Xmarks que guarda
favoritos online y los puede uno compartir con otros browsers y bueno, no se
que hicieron y sali esta cantidad, y hay carpetas duplicadas a montones y
tomar tiempo encontrar las duplicadas pues en varios casos hay hasta 8
carpetas de sub-niveles. En fin, hay alguna forma de poder mostrar las
carpetas duplicadas y que incluya su ubicacin para poder eliminarla ms
fcilmente?

Espero que puedan darme una mano
Un saludo desde Lima, Per

ACD