migracion

Una pregunta, me han encargado hacer una migracion de base de datos.
En mi actual base de datos yo tenia la tabla cliente que se relacionaba con
la tabla universidad, ahora quieren que pase esta tabla cliente a otra base
de datos en donde ya existe una tabla universidad con otros id de los que
cuenta mi tabla universidad actual, como es que puedo hacer estos cambios en
los datos.
Tengo la idea de en mi tabla universidad actual crear una columna adicional
y ahi poner los datos de la tabla universidad futura manualmenteasi se
debe hacer? algun consejo adicional?

gracias.