poniendo archivos de sites en servidor

Hola, cual seria la forma para poner archivos de sites remotamente con user
y password en un server2000? Se q hay dos formas a traves del ftp, y
ponerlos en inetpub\wwwroot\user. Pero a traves del ftp, deberia hacer un
proceso para q los vaya copiando a la carpeta correspondiente de wwwroot.

Gracias.