Problema en condicion del Where

Hola, tengo la siguiente situación. Tengo una query que realiza un select
sobre varias tablas (alrededor de 5). Dentro del Where consulto por 3
campos
que estan dentro de la clave primaria de la tabla prinicipal, más un campo
que es un monto el cual debe ser mayor a cero. El problema esta en que al
ejecutar la consulta, no tengo respuesta y se queda pegado esperando lo
que a
la larga da error de timeout. Ahora bien, si saco la condición de mayor a
cero, la consulta se ejecuta sin problemas. El número de registros es de
más
de un millón.

¿a que se puede deber esto?