Reinstalar Windows vista sin perder datos..

Hola a todos,

Tengo un pc con 3 so instalados, W2000, W XP y Vista Ultimate, al intentar
clonar mi disco para poner otro mas grande el clonador se ve que toco el
fichero de arranque del vista y me lo dejo inservible. Tras muchos
intentos y consultas al foro (del que he recibido mucha ayuda) no he
conseguido que me aranquen de nuevo los tres SO, solo el xp en arranque
dual con el 2000. En la particicón del vista, cuando la pongo arrancable
me sale:
a disk read error ocurred,
press ctrl + alt + supr.

Tengo muchas cosas instaladas en el vista y quisiera saber si es posible
reinstalar vista sobre el existente de manera que no pierda los programas
y los datos ya instalados en la anterior instalación.
¿Como hago la reinstalación? ¿acaso puedo solucionar el error anterior?

Si utilizo la opción de reparar arranque del cd, me dice que esta
solucionado y no es asi, sigue el msj, a veces tambien me dice que tengo
puesto un pen drive o una camara y que lo quite, pero no es cierto.