SOS: Problemas con el Framework2.0 y otras aplicaciones

Tengo un cliente que cuando instala el Framework 2.0 (con el 1 ó 1.1 no tiene
problemas) se le va todo el sistema. Empiezan a fallarle aplicaciones, el
antivirus (McAffee) no le actuliza y, finalmente, el sistema no le inicia
teniendo que formatear e instalar todo otra vez.

Lo mas raro es que le da error con aplicaciones que no utilizan el Framework
como el Adobe Acrobat o el McAffee.
Utiliza XP SP2.

Sabes algo sobre estos problemas?
que hace el framework cuando se instala? cambia algo en la configuracoin del
Windows o archivos comunes con aplicaciones que no utilicen el framewor???

Saludos