Tablas sin relaciones

Hola a todos,

Perdonar que me meta en el hilo, pero soy nueva en el foro y al leer este
post me ha surgido una duda parecida a la de Array:

Tengo una BBDD en DQL Server 2000 con aprox. 535 tablas todas con su
respectiva claves Identity, pero que no están relacionadas entre si., de
tal
manera que las consultas las hago utilizando INNER JOIN.
Mis preguntas son:

1º- Puede afectar al rendimiento de mi aplicacion el no tener relacionadas
la tablas entre sí o generarme problemas futuros?

2º- En caso afirmativo, puedo relacionar dichas tablas ahora teniendo en
cuenta que tengo una aplicación en V.B. 6.0 que está tirando de esa BBDD?
En
caso afirmativo como sería?

El diseño de las tablas relacionadas entre si es más o menos parecido a
este:

TABLA1 TABLA2
MAESTRO_TABLA1_TABLA2

Id_tabla1 - Identity Id_tabla2 - Identity
Id_Maestro_Tabla1_tabla2 Identity
Nombre Nombre
Id_tabla1

Id_tabla2


Perdonar por si me he estendido, pero es la 1ª vez que participo.

Os gradezco cualquier ayuda o sugerencia.

Muchas gracias de antemano.
Un saludo.
Lucia.