Vista ¿Program Files o Archivos de Programas?

Hola a todos.
El otro dia un compañero del foro llamado Daniel, me explicó el porqué
de que los programas te ofrezcan instalarse en Program Files y
aperezcan instalados en Archivos de Programas en la version castellana
de Vista.
Pero no me quedó clara su respuesta a mi siguiente cuestión:
Si fuerzo la instalacion de un programa en vez de a Program Files a
una carpeta llamada Archivos de Programas que será creada por el
programa instalador de la aplicacion, es logico que ocurra lo que he
leido por ahí: se crea una carpeta con este segundo nombre y cuando
accedes con el explorador de archivos te son mostradas dos carpetas
con el mismo nombre (Archivos de Programas). ¿como las diferencia
Vista desde el explorador si ambas tienen la misma teorica ubicacion?
¿Alguien podría aclarar este tema? Gracias a todos.