Actualizacion artículos: 100.000 líneas y rendimiento

Hola grupo.

Tengo un problemilla (otro más) :P .

Tengo que realizar un programa de actualización.
Durante el proceso se ralizan una serie de operaciones (bastante
complicadas, no podría hacerlas en el lado del servidor de datos) para
actualizar unos 100.000 artículos. Mi problema radica en el
rendimiento, que por supuesto se me va al sótano.
Actualmente cargo un datatable y aún así tarda muchísimo en realizar
la carga (antes de recorrerlo y operar)
¿a alguien se le ocurre una idea?

Ah. Ya se me olvidaba, trabajo en C# en Windows Forms.

Gracias por adelantado a todo el mundo.