Afectacion de un firewall en un servidor

Resulta que tengo que empezar a poner firewalls en los equipos y estoy
empezando a probar en servidores de prueba por si las moscas. Como era de
esperar me ha dado bastantes problemas puesto que me esta dejando el
sistema mas tieso que un palo. Ya lo he instalado varias veces y esta
ultima se lo hice todo automatico a ver, al final parece que estaba
bastante bien, pero al final me lo esta tirando a la mala cara.
El firewall que he puesto es el Outpost firewall 2.5 que pone que tambien
acepta el 2003 server.
Entonces me puede explicar alguien si es que se puede que hay que mirar o
tocar para que un firewall no me bloquee el sistema?.
Ya he tenido problemas con el active directory, dns, exchange, etc. para
ser mas exacto con todo. sin embargo si quito el firewall se me van todos
los errores
Que demonios hay que tocar en los firewalls.
Gracias.