Algo de teoría sobre Ensamblados

Hola amigos... Ante todo, gracias por su tiempo.

Tengo tres ensamblados: [Llamador], [Trabajo] y [Base]. El ensamblado
[Trabajo] contiene clases que se heredan del ensamblado [Base].

El ensamblado [Llamador] no depende de ninguno de los anteriores, éste
simplemente inicia la ejecución del programa, recupera de algún lugar el
contenido de los ensamblados [Trabajo] y [Base], y los carga en memoria a
través de

byte[] ensambladoBaseData = CargarContenidoDeAssemblyBase()

byte[] ensambladoTrabajoData = CargarContenidoDeAssemblyTrabajo()

Assembly.Load(ensambladoBaseData);

Assembly.Load(ensambladoTrabajoData);

Luego se instancia alguna clase del ensamblado [Trabajo] y la aplicación se
habrá puesto en marcha.

PROBLEMA:

Al cargar en ensamblado [Trabajo], el .Net Framework busca el ensamblado
[Base] en la carpeta de la aplicación, desconoce que ya está cargado en
memoria y al no encontrarlo, lanza un error.

Las cosas funcionan muy bien si [Trabajo] no depende de [Base].