Consumo de CPU excesivo

Hola buenas, tengo un servidor windows2000 server
instalado con citrix y una aplicacion basada en ms-dos y
hecha en clipper, esta aplicacion cuando se ejecuta
consume toda la cpu hasta un 94% mas o menos y da igual
que lo hagas en local en el servidor o por citrix el
consumo es el mismo, pero cuando ya entran dos equipos por
citrix y ejecutan la aplicacion, los demas equipo ya no
pueden ejecutar mediante citrix ninguna aplicacion, hay
alguien que sepa como evitar uso tan excesivo de una
aplicacion de ms-dos, gracias