Permisos por Default

Estimados amigos, estoy montando un servidor Windows Server 2003 y en una
carpeta tengo una serie de programas que uso dentro de mi institución, la
misma esta en el disco D de mi servidor y esta compartida para los
usuarios.

Ahora bien, todos los usuarios pueden ver el contenido de todas las
carpetas en el recurso compartido, lo que yo quiero hacer es que los
usuarios vean simplemente lo que a ellos les corresponde, teniendo
permisos dirigidos directamente a grupos a los que ellos estarían
asignados para ejecutar tanto los programas que están en el servidor como
acceder a los datos.

1- Como no estoy seguro quisiera lanzarles esta pregunta, tiene algún
impacto en el servidor el hecho de quitar los grupos Everyone y Users de
la raiz del disco D?
2- Esto haría que los usuarios autenticados puedan dejar de ver las demas
carpetas o ingresar a ellas y tener permiso solamente a aquellas carpetas
a las que son asignados?
3- Si es que la pregunta que hago aquí es inviable, que recomendaciones me
pueden dar para ejecutar este trabajo, o sea restringir el acceso a las
carpetas?

Desde ya les agradezco la atención y les envío un cordial saludo.

Gustavo Genez