Problema con la ejecuacion de aplicaciones

Muy buenas a todos,
Tengo un problemilla que me está volviendo loco.
Tenemos una aplicación que para ejecutarse debe hacerse desde una unidad
mapeada del propio servidor. Es decir, tengo que compartir una carpeta del
disco duro y mapear una unidad (R en este caso) a esa carpeta, todo ello
en el mismo servidor.
El problema es que cuando ejecuto esta aplicación en esta unidad mapeada,
me dice que windows no puede acceder a ella (la aplicacion). Curiosamente,
cualquier otro archivo (de tipo txt por ejemplo) dentro de esa unidad lo
abro sin problemas.
Y para más inri, cuando la ejecuto en su directorio original si que me
deja (aunque me da un error de aplicacion por no hacerlo desde la unidad
R)
En otros servidores no tengo este problema, pero no encuentro la
diferencia...

El servidor es un W2003 Server con SP1. Es controlador de dominio y está
en ingles.

Un saludo a todos y muchas gracias desde ya.

Oscar