Aplicacion DOS...

Hola todos, tengo un problema con una aplicacion basada en DOS que corre en
la plataforma XP. esta aplicacion se ejecuta tanto local en el server como
remota en cada uno de los usuarios.
Cuando apenas la ejecuto me dispara la CPU al 100% en una terminal de
usuario...en el servidor que logicamente es mas robusto se dispara al 60%
con solo abrirla. Ademas se me han empezado a perder archivos que genera la
aplicacion ... y algunos se vuelven inutilizables.

Antes no pasaba esto porque el equipo server era win98...crei que eran las
particiones NTFS, movi la carpeta de trabajo del aplicativo a FAT32..pero lo
mismo!...estoy muy preocupado ...cualquier ayuda sera buena gracias...

Diego