Certificate Server

Hola, ya tengo instalado el Certificate Server con un W2000Server, y

he creado y emitido un certificado para instalarlo en el propio IIS. El
certificado esta emitido con la plantilla "Servidor web" y cifrado en
Base64.

El problema que tengo es que cuando un usuario cliente (que es usuario del
Active Directory) accede a la Web mediante https, la primera vez como es
normal, le sale el aviso de "Alerta de seguridad" y que deposite la
confianza a la organizacion, para eso tenemos que acceder al boton "Ver
certificado" y "Instalar certificado", pero si se hace asi, el certificado
no se instala correctamente, ya que cuando volvemos a acceder a la web lo
vuelve a pedir. En cambio, si lo instalamos des de la "ruta de
certificacion" parece ser que se instala correctamente.

¿Alguien puede indicar los parametros correctos para crear y emetir
correctamente el certificado?

Saludos y gracias.

Agustí