desaparecen los ejecutables

Hola,
el caso es que fuimos los que tuvimos el virus parite.b, en el Windows
Millennium Tuvimos que restaurar sistema porque con un antivirus pues
digamos que dejó de funcionar. Ahora, después de desinfectados de parite
b, resulta que nos empiezan a desaparecer algunos ejecutables. Ya van
los de 3 programas (cmmon32.exe , el firewall agnitum outpost firewall y
el aceleredor de descargas flash get)
No puede ser por el restaurar sistema porque lo hicimos hace dos dias y
no habia pasado esto.
¿Porque puede ser que ahora nos desaparezcan algunos ejecutables?
Por cierto, el virus lo quitamos con el panda quick remover.
Muchas Gracias,
Aithne