Servidor no responde

Buenas tardes:
Necesito una guia. Un servidor que tiene sql server 2000 sp3 y windows
2000 sp3 le esta dando timeout a una aplicacion de mi empresa.
El timeout lo da en un proceso en particular que es bastante pesado ya
que hace una serie de controles y copia datos en unas tablas. Y
ademas el error lo da en dos pc nuevos (no conozco la configuracion) con
windows xp professional. Y no da el error en otro con windows 2000
professional mas viejo (tampoco se la conf). Asi que me resulta dificultoso
saber el porque de esta anomalia. Agradezco cualquier cable
que se me pueda lanzar.