A ver como podria hacer esto?

Hola a todos de nuevo...
A ver si me podeis echar una mano para algo que quiero hacer pero que no se
muy bien como.
En el despacho tenemos un Servidor Independiente con w2003 server Standard,
y nos conectamos a el unos 6 equipos para compartir datos e impresoras
fundamentalmente.
En este equipo tenemos la base de datos de la empresa(unidad D) y habiamos
pensado que para poder tener acceso a los datos desde casa, habilitar el ftp
del 2003 server. Para evitar que la unidad que contiene los datos quede
expuesta habiamos pensado hacer una copia de la parte de la base de datos a
la que queremos tener acceso desde el exterior en otra unidad (unidad E), y
el problema que tenemos es que tendriamos que estar copiando todos los dias
los datos que se han modificado de D a E.
Hay alguna manera de hacer este proceso de forma automatica?