archivos que reaparecen despues de fragmentar

devido a que habia perdido unos archivos tras usar el CHKDSK y dejar como
invalida la entrada al directorio que los contenia, utilize un programa para
recuperarlos y recuperados quedaron

tras esto defragmente el disco para "poner todo en orden" y que asi
eliminara completamente todos los restos de archivos anteriores

ahora si paso de nuevo el recuperador de archivos me sigue encontrado
entradas perdidas y unas tres a cinco veces cada archivo existente, supongo
que de cada vez que lo movio el defregmentador

mi pregunta, es eso normal???, existe alguna forma de dejar el disco como
primera vez??? , mas que nada por si en futuras perdidas, saber que fue lo
que se perdio entonces y que no aparezca "todo el historial"

gracias