Dudas discos duros

¡¡¡Buenos días a todo el mundo!!!

Tengo 2 discos duros en mi PC:

HDD0 Primary Master (Seagate ST380011A):
Part. C FAT32 955 MB
Part. D FAT32 1,86 GB Instalado Win. 98SE
Part. E FAT32 4,64 GB
Part. F FAT32 4,64 GB
Part. G NTFS 37,2 GB
Part. H NTFS 25,1 GB Instalado Win XP SP2

HDD1 Primary Slave (Seagate ST3160021A):
Part. I NTFS 93,2 GB
Part. J NTFS 55,7 GB

Tengo instalado el Win 98 en la D y ya no lo utilizo, quiero usar ese
espacio para datos, ¿como lo hago para que después de formatear la partición
no me salga el boot loader para elegir el SO que arranque, que debo
modificar en el boot.ini?
HDD1 es de 160 GB según Seagate [149 según el Everest :-)] pero la bios de
mi placa no soporta más de 137 GB o 128 según como se cuente. Lo instalé con
el Disc Wizard 2003 de Segate y así dispongo de toda su capacidad, pero mi
duda surge si formateo la partición del Win XP, ¿Qué pasará con los datos
del disco duro grande?

Gracias a todos.