Editar MBR con 2 HD

Hola,
tengo el siguiente problema...
Cuando instalé Windows Xp en mi PC tenía dos discos físicos
Uno de 5gb y uno de 60 gb

instalé en el disco de 60gb, pero ahora parece que el de 5gb a veces no me
lo reconoce la pc, y por tanto me dice que no se ha encontrado el SO, y no
puedo entrar a Windows XP,

hablando con otra gente, me dijieron que cuando instalé el SO con los dos
Discos duros, escribí en el Master Boot Record del de 5gb, entonces si lo
saco, o si por una falla no me lo reconoce entonces no voy a poder entrar
a mi sistema operativo instalado en el disco de 60 gb,

mi pregunta es ¿Cuál es la mejor solución?, no quiero volver a instalar
xp, ni formatear...
hay alguna manera de escribir el mbr del disco de 60 gb para que me
levante de el??.
en el bios por las dudas, buteo del disco grande y del chico, y siempre me
pasa lo mismo..

Deade ya Agradezco cualquier comentario,

Martín Ghazarian