en el incio dos sistemas operativos

Hola a todos, tengo un problema por alguna razon hubo una instalacion de
windows 2000 en mi computadora que tiene dos sistemas operativos windows
me y windows 2000 esta ultima se infecto y toco volverla a instalar, pero
por algun error cometido en ella ahora en el incio aparecen tres sistemas
operativos uno el windows me y dos de windows 2k, uno de ellos que
funciona y el otro que esta mal y no deja ni entrar, miro las particiones
y estan perfectas, pero cuando inicio el computador me aparecen de nuevo
las tres, borre las lineas de una de ellas del archivo boot.ini y sin
embargo siguen apareciendo, como hago para que no suceda esto, pues es
molesto ya que ese computador tiene acceso a varios usuarios y se
equivocan e ingresan por el que esta malo y hay que volver a iniciar la
computadora.

Agradezco cualquier sugerencia.

gracias