Falta NTLDR

Ordenador con dos discos, uno SATA y otro ATA. EL sistema operativo está en
el disco SATA pero cuando arranca el ordenador primero busca en el ATA y, al
no encontrar inicia en el SATA (desde la bios no se ve el SATA por eso está
así).
El caso es que al instalar un tema de Windows (Flyawick, o algo así) y
reiniciar aparece el error "Falta NTLDR" y no se puede arrancar. Si al disco
ATA se le quita la corriente, no hay problema. Se inicia bien el sistema
operativo, pero si están ambos discos funcionando es cuando da el error.
He arrancado desde el disco de Windows XP y he pasado un chkdsk /r, pero
sigue el problema.
¿Alguna idea?.
Fran.