Formatear la unidad de XP

Hola

Tengo un disco duro con tres particiones, las tres son FAT32 y
unidades Basicas. En una tengo Windows98, en la otra WindowsXP y en la
otra solamente información. La unidad que quiero formatear es
WindowsXP ya q me esta dando errores (pantallazo azul) y como no se
exactamente porq pues quiero formatear solo esa unidad.
He visto que si hago click con el boton derecho encima de la unidad a
formatear, me aparece la opcion de formatear, pero lo que no se es si
solo me formatea esa unidad o todo?
Por otro lado tb he visto que en Panel de Control-Herramientas
Administrativas-Administracion de Equipos-Administrador de equipos.
Que mis unidades windowsXp y Datos estan de un azul normal que pone
unidades logicas, ademas las dos estan como rodeadas por un recuadro
verde y windows98 en un azul mas oscuro que pone particion primaria,
esto me afectara a la hora de hacer el formateo como os he dicho? O
por otro lado es mejor que lo haga de otra manera?

Gracias y espero vuestra respuesta antes de hacer nada irreversible