Instalacion nuevo HD

Buenas a todos,
Instalé un disco duro nuevo en mi PC porque el que tenia empezaba a
fallarme, lo puse como esclavo del que tenia y utilicé el partition magic
para hacer una copia del disco viejo al nuevo. Despues desconecte el
viejo,
puse el nuevo como maestro y traté de arrancar el PC, pero el windows no
acaba de arrancar. He vuelto a conectar el viejo como esclavo y si
arranca.
Me he fijado en el administrador de discos que uno lo pone como sistema E:
(el nuevo) y el otro pone archivo de paginacion C: (el viejo). Aunque sea
esclavo lo pone como C:, no lo entiendo.

Gracias por la ayuda