Necesito ayuda .... de verdad!!

Saludos:

Hace relativamente poco tiempo que empezado a trabajar con un controlador de
dominio en mi LAN. La verdad es que prácticamente todo va bien, pero hay un
problema que se repite de forma recursiva y que me tiene "descolocado".

Resulta que las aplicaciones que instalo en los equipos, como administrador
del dominio, me plantean problemas de funcionamiento. Al principio todo va
bien, y si las ejecuto como administrador no hay problema, pero si durante
una sesión de usuario el sw intenta modificar el registro o incluso
consultarlo en algunas secciones, pues el sistema no le permite hacerlo y
las aplicaciones no funcionan correctamente.
He intentado asignar permisos a determinados usuarios en el registro de sus
máquinas de trabajo habitual, pero nada.
He revisado las políticas de grupo y no veo cómo solucionarlo.
Este problema no aparece cuando trabajan desconectados del dominio o es un
administrador el que ejecuta el sw y me esta causando muchos contratiempos
en el funcionamiento diario de la red.

¿Cómo puedo controlar de forma efectiva los permisos del registro de las
máquinas?

Muchas gracias por adelantado!!