Pasar de FAT32 a NTFS

Hola grupo

Tengo en mi disco duro las siguientes particiones:
c: Win XP Pro -> FAT32
d: Win 98 ->FAT32
e: y f: NTFS

y quiero convertir la unidad c: a NTFS. Se como se hace y demas pero
tengo una duda.
Desde windows 98 no puedo ver las unidades NTFS (logico) si paso la unidad
c: a NTFS,
win 98 tampoco la verá, y windows 98 está instalado en la unidad d:.
Si convierto C: a NTFS se fastidiara windows 98?
y si uso alguna utilidad para acceder a la parte NTFS antes de convertir
C:?

Gracias.