Problema en una particion de disco. Desaparecida

Tengo un nuevo PC con un disco duro de 200GB. Como no soy muy entendido,
lo
he particionado con PartitionMagic que para mi es bastante sencillo. Todo
fue correctamente.
Unos días atrás tuve problemas al instalar un programa que me dejo el pc
hecho polvo y me obligo a formatear después de intentar recuperar todo con
vuestra ayuda.
Ahora, después de formatear, una de las particiones desapareció. La pude
recuperar con PartitionMagic, pero poco a poco ha ido dando problemas,
incluso Windows XP me aviso que no podía acceder a algún archivo y que en
el
reinicio del sistema ejecutaría Chkdsk /f.
Reinicio, no se ejecuto Chkdsk /f. y la partición a vuelto a desaparecer.
He
abierto otra vez PartitionMagic para intentar solucionarlo y me da este
AVISO:

"El disco 1 (131069MB 16709c 255h 63s) parece tener particiones creadas
utilizando geometría de unidad (256h 63s) diferente. Este serio problema
puede provocar la pérdida de datos.
No debe realizar ninguna manipulación de particiones en este disco
utilizando este producto o los productos del sistema operativo. Debe
realizar una copia de seguridad de los datos de este disco, eliminar todas
las particiones, crear nuevas particiones con la nueva geometría de unidad
y
luego restaurar los datos mediante la copia de seguridad."

Si elimino todas las particiones ¿perderé el sistema operativo?
Creo entender que los datos de las otras particiones que están correctas ,
¿también los perderé?
La eliminación de las particiones ¿lo puedo hacer con PartitionMagic sin
ningún problema?

Pues muchísimas gracias por leer este sermón y espero me podáis echar una
mano, muchas gracias y un saludo.

Tengo las siguientes particiones:
C: 59.255,3 Mb
*Extendida 135.219,0
D: 50.665,9 Mb
E: 39.268,2 Mb
La perdida : 45.284,8 Mb