ERROR al convertir de FAT32 a NTFS

Hola a todos

Os cuento cual es mi problema.

Intenté pasar de FAT32 a NTFS mi disco duro D (que lo tengo de almacen de
datos). Lo hice con la utilidad del propio XP. Estubo un buen rato y no pudo
realizar la conversión al encontrar problemas en el disco duro. Ejecuto
chkdsk y me dice que el disco esta bien. Sin embargo intento borrar los
ficheros que el convertidor me dice que estan mal y NO PUEDO. He intentado
borrarlos desde el emulador de ms-dos, arrancando en modo seguro... y nada.
Supongo que la FAT estará estropeada. ¿Sabeis de algun software que pueda
arraglar la FAT?

Espero podais ayudarme.

Gracias y un saludo

Daniel