Error en servidor Windows 2000

Buenas y saludos a todos,
Vereis, tengo un problema con una máquina Windows 2000
Adv. Server. Al iniciar la máquina o durante su
funcionamiento aparece una ventana en la que aparece algo
como "una aplicación ha sustituido archivos esenciales
para el funcionamiento del sistema. Introduzca el cd-rom
de windows 2000 para reestablecer una copia anterior", y
claro, hasta que no introduces el Cd-rom el mensaje no
desaparace y es más, si no se introduce el cd-rom el
servidor comienza a ir lento.
Hemos tenido que dejar parmanentemente el disco de
windows introducido en el cd-rom debido a que el mensaje
aparece durante todo el dia.

Alguien sabe, aparte de por culpa de un virus, que le he
quitado varios, poruqe se puede producir esto y como
solucionarlo de manera defenitiva, aparte de formateando?

Muchas gracias por vuestro tiempo