hkey_current_user con Terminal Server

Hola a todos.

Estoy teniendo una serie de problemas con el terminal server y las
aplicaciones que se ejecutan en el inicio de sesión
(hkey_current_user/software/microsoft/windows/currentversion/run), cada
usuario tiene su cuenta de terminal server distinta y el servidor es un
2000 server.
El caso es que antiguamente tenia configurado una aplicación para
ejecutarse a nivel de maquina. El problema es que cada vez que un usuario
entraba con terminal server se le ejecutaba la aplicación, así que se paso
a la ejecución del programa a
hkey_current_user/software/microsoft/windows/currentversion/run para que
solo se ejecutase con un usuario, concretamente el Administrador. Pero aún
así, después de reiniciar la maquina o eso parece porque no se ha hecho
ningún cambio más, la aplicación se ha configurado automáticamente para
cada usuario en la entrada
hkey_current_user/software/microsoft/windows/currentversion/run. ¿Alguien
me podría explicar como solucionar esto?

gracias.