Modificar web.Config

Hola, llevo ya unos dias con un problema y es que necesito modificar el
web.config en tiempo de ejecución para modificar los permisos de acceso a
los distintos archivos de mi web. He conseguido modificar la sección
principal de authentication del web config, e incluso he conseguido
modificar la sección de authentication de alguna de las location del
web.config principal, pero también necesito poder crear nuevos
LocationSection en mi web.config para poder añadir permisos a distintos
archivos. ¿Como podria hacerlo? un saludo y muchas gracias.