Serializacion, Objetos de Negocio e Instancias!!!

Buenas tardes

Me he encontrado con una situacion curiosa.

Tengo la clase A que contiene todo la logica de negocio dicha clase tiene
una instancia a la clase B y a la clase C.

Cada una de estas clases tiene colecciones de los elementos del tipo D. Pero
durante el funcionamiento de la aplicacion, no todos elementos del tipo D
que hay en las colecciones son instancias unicas.
Es decir que se da el caso que una misma instancia esta en als dos colecciones
(dentro de B y C).

El problema es que hasta ahora tenia hecho para almacenar toda la clase A
en XML mediante el uso del XMLSerializer, pero por una parte duplica datos
y por otra al deserializar crea instancias nuevas de todos los tipos D guardados.

Hay alguna otra forma de almacenar esto en XML si que se dupliquen y que
al desserializar se cree instancias nuevas de D?

Sabeis si existe algun proyecto o codigo para corregir este problema?

Gracias por todo y saludos