Separar un dominio en dos dominios

Hola buenas tardes, tengo un dominio con dos DC's en Win2k3 standar,
estan conectados por una VPN.
Depues de comprobar q nuestro sistema de gestion no corre bien a traves
de la VPN la vamos a quitar. Como son dos delegaciones distintas hare
conexiones TS para trabajar con el programa.
La duda que tengo es como le va a sentar esto a los DC's, seguiran
trabajando perfectamente las dos LAN independientemente y cada DC
funcionando correctamente su DHCP, DNS, WINS, AD, etc o por el contrario
petara la LAN del DC secundario??
No habra problema porque las dos LAN su dominio sea el mismo o tendre
que cambiar un dominio, como funcionara esto con las conexiones TS??
Algún doc que me pueda ayudar ??

Gracias de antemano