Varios sistemas Microsoft en dos discos duros

Lo que intento es instalar los sistemas de forma "limpia", pero
limpia de verdad sin que los nuevos sistemas operativos vayan
machacando el anterior, (sustituyendo el arranque del previo por el
suyo)

Necesitaría que alguien me diese una idea de como se podría realizar
lo siguiente:

Deseo instalar cuatro versiones diferentes de los sistemas
operativos de Microsoft en dos disco duros diferentes con las
siguientes particiones y estructura.

En el primer disco, instalado como maestro, tendríamos: tres
particiones primarias. El la 1ª instalaría Windows 3.1x, en la 2ª
instalaría Windows Xp y la 3ª solo para almacenar datos y programas.

En el segundo, instalado como exclavo, tendríamos: tres particiones
primarias y una extendida, dentro de la extendida dos unidades
lógicas. En la 1ª instalaría MS DOS 6.20, en la 2ª instalaría Windows
98, en la 3ª instalaría otra vez Windows XP y las dos unidades lógicas
en la extendida solo para datos y programas.

El caso es que llevo varios meses leyendo ayudas de programas y
foros, y por lo que he logrado entender, debería de arrancar el
sistema desde un disquete con un gestor de particiones o un gestor de
arranque, lo ideal sería con las particiones ya hechas y vacías, y
desde aquí indicar cual es el disco duro inicial, indicar la partición
donde voy a instalar el sistema, marcándola como activa, y ocultar el
resto de particiones primarias para que el programa de instalación no
enrede y crea que su partición es la fetén.

Bien el problema me llega cuando quiero instalar sistemas en el
disco secundaro, he utilizado dos métodos: un gestor de arranque, GAG
4.4, pero no he conseguido que le oculte las particiones primarias del
disco exclavo a Windows 98, ni pude instalar Windows Xp desde el cd,
(no me digáis que instale Xp desde el directorio i386 porque me da un
error en el que no encuentra el archivo NTLDR). Y un gestor de
particiones, Partition Magic 8.0, pero aquí no he conseguido que
intercambie los discos para poder instalar sistemas en el segundo
disco, posiblemente porque no se gestionarlo correctamente.

Utilizar otros gestores diferentes de GAG no me parecería mal,
aunque no los he probado porque entiendo que o necesitan un sistema
operativo funcionando o necesitan realizar una partición para sus
getiones, preferiría evitarlos, pero si es la solución muy agradecido
por la ayuda.

Lo que intento es instalar los sistemas de forma "limpia", pero
limpia de verdad sin que los nuevos sistemas operativos vayan
machacando el anterior, (sustituyendo el arranque del previo por el
suyo), porque si todos van a necesitar el primer sector de la primera
partición del primer disco para arrancar (o el primero de la primera
en el segundo), no habré hecho nada, ya que lo que quiero evitar, en
caso de un fallo de uno de los discos, es que no se pueda iniciar la
cargar algún sistema.

En definitiva, lo que pretendo es confinar cada sistema a su
partición, porque cuando instalo uno sobre otro, (primero DOS después
W98 y después Xp), y utilizo un gestor de arranque, no hay forma de
que inicie el sistema de la partición elejida, me imagino que porque
no encuentra los archivos necesarios que se han instalado en la
primera partición, (la de DOS).

Bueno ya sé que todo esto es un galimatías, pero hombre... a ver si
me contáis algo para poder hacerlo así.

Sé que a lo mejor instalar la mayoría de los sistemas en el disco
maestro podría liberarme de bastantes problemas, pero soy muy cabezón
y quiero distribuirlo de esa forma, (en parte para aprender algo).

De todas formas muchas gracias, por lo menos por haber perdido tu
tiempo leyendo el mensaje.