Dos sistemas operativos

Tengo xp profesional y me aparecio un error de que no
estaba el archivo system32, restaure con el cd, pero me
creo otro sistema operativo.
Me explico, cuando reinicio o prendo el equipo me
aparecen dos opciones de windows xp, la primera es la
restaurada, y la de abajo (segunda) es la que no me deja
entrar pues me pide ese archivo.

La opcion primera quedo grabada en una carpeta que la
llame WINDOWS2 y quedo al lado de la que estaba
anteriormente llamada WINDOWS...
La pregunta es puedo borrar la carpeta WINDOWS ?????
Si no la borro despues me creara conflictos ????

Agradezco la colaboracion.