C# y javascript (Continuacion)

La pregunta original fue:
Puedo mediante C# abrir un webform
configurando tamaño, barra de navegación, etc. sin tener
que caer a javascript.
El problema es el siguiente:
Estoy desarrollando una app intranet con autenticacion
por formularios con Active Directory. De acuerdo a la
pertenecia de una unidad organizativa debo redireccionar
a un form con determinadas configuraciones para ello uso
un archvo js con las funcionalidades.Si ejecutamos la
aplicacion con authentication mode = forms ignora las
llamadas a las funciones js (no hace nada ni da
error).Aclaro que redirecciona perfectamente a la pagina
default y las validaciones de pertenecia de grupos las
realiza correctamente.
Si authentication mode = windows las funcinalidades de

se realizan correctamente.
Alguien tiene alguna idea Gracias..
.