error al arrancar XP

Hola:
Hice unos cambios en la partición única de un disco duro de 40 gigas, hay
otro de 20 esclavo, con Partition Magic, en una P3 de 500 mhz, 512 ram, con
WinXP service pack 2 actualizada.
El tema es que no lo hice bien, tenía dos arranques que decían sistema
operativo predeterminado. Cuando intenté ejecutar el msconfig, este no
aparecía, toque el boot.ini y después no arrancó más. Decidido a reinstalar
el SO, encontré la posibilidad de usar la consola de recuperación. Seguí en
forma intuitiva algunos pasos y ahora funciona bien.
El tema es que quedó una partición de 38 y pico de gigas en buen estado y
una unidad de 8 mb sin asignación, según la utilidad de manejo de discos del
XP. ¿Debería corregirla, afecta en algo?
Si me pueden orientar se los agradecería.
PD. todo esos manejos fueron para intentar tener dos SO en un disco, uno
para pruebas y el otro para trabajos y demás cosas.
Saludos.
Carlos Ranone
Buenos Aires