Error en la carpeta Windows

Hola,
De vez en cuando y en forma aleatoria me aparece un
error "no se encuentra win.com" al tratar de iniciar.
He descubierto que esto ocurre porque 6 o 7 entradas de
directorio de la carpeta "c:\windows" se sobreescriben con
bytes aleatorios. Los programas como scandisk pueden
tardar días en resolverlo y no queda del todo bién (si
pierden algunos archivos).
El sistema operativo lee las entradas de directorios hasta
que encuentra este error y se detiene por lo que todos los
siguientes archivos no aparecen. Yo puedo correjir el
error editando el disco en forma manual y corrigiendo
estas entradas. Luego recupero las cadenas perdidas a
estos 6 o 7 archivos y les doy el nombre, tamaño y
atributos correspondientes, consiguiendo de esta manera
solucionar el problema. Esto lo puedo hacer porque tengo
una lista impresa de los archivos que tengo en esta
carpeta.

El problema es que es muy laborioso corregir el daño y se
necesitan muchos conocimientos para hacerlo, además de la
lista de archivos para deducir cuales son los que se
perdieron y luego de un tiempo vuelve a suceder.

¿Cómo puedo hacer para que Windows 98 deje de provocar
este error? ¿Existe algún parche para bajar de internet?